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thingopt.el が解決してくれそうだったんだけど、subword-mode とか superword-mode を使ってたりするとちょっとイマイチかなあと思ったので自前でなんとかすることに。

(defadvice mark-word (before mark-word-around activate)
  (beginning-of-thing 'word))

(defadvice subword-mark (before mark-subword-around activate)
  (put 'word 'forward-op 'subword-forward)
  (beginning-of-thing 'word)
  (put 'word 'forward-op nil))